Nos encontramos en Gaia, un mundo donde cuatro naciones distintas gobiernan diferentes zonas del Continente de la Niebla. El reino de Alexandria, que obecede las ordenes de la maquiavélica reina Brahne, ha comenzado a realizar distintos movimientos para lograr un objetivo: hacerse con el poder absoluto. Pero una compañía de actores de Lindblum llamada Tantalus, decide secuestrar a Garnet von Alexandros, la hija de su majestad Brahne, como rehén para que así la reina se detenga. Pero la princesa desde el momento en que conoce a Zidane y sus compañeros no opone resistencia alguna al secuestro, incluso colabora con ellos. Un poco confundidos por el comportamiento de la preciosa joven, ponen en marcha un descabellado plan para huir de Brahne y llegar cuanto antes a Lindblum, donde les espera el regente de aquel reino para prestarles ayuda: Cid.

Durante el viaje, Zidane y los demás descubren que las amenazas de la reina no son más que una mera tapadera para incubrir un complot aún más siniestro y diábolico. Por el bien de la humanidad, nuestro grupo de héroes deberá enfrentarse a todos aquellos peligros que se interpongan en su camino derrotando a todas las fuerzas del mal para que el equilibrio en Gaia pueda restablecerse.